non è che per caso avevi rediretto la cartella documenti che vedi sul desktop (e che in realtà è una sorta di collegamento) ?
Hai provato a usare "cerca" per trovare i file che erano li ?
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il mio pc scarica e installa abitualmente gli aggiornamenti di xp senza problemi, ma nell'ultimo aggiornamento dopo il riavvio il desktop e stato ripristinato allo stato di default e la cartella Docum ...