alessandro.polo Dio maturo
Registrato: 17/02/07 18:08 Messaggi: 2043 Residenza: Al di sotto di Zeus Thor e Anubis
|
Inviato: 14 Giu 2014 01:08 Oggetto: Esportare da Access in formato FASTA |
|
|
Da un po ho cominciato all'università il corso di bioinformatica, che sarebbe più o meno per chi non lo sapesse l'analisi al computer di sequenze di proteine ed acidi nucleici. Ed ovviamente ci tengo a tenere in memoria tutte le sequenze con la quale ho lavorato, così ho creato un bellissimo database Access. Fin qui nessun problema.
Il formato che si usa di più come input nei programmi di elaborazione online è il formato FASTA, che è davvero molto semplice:
>descrizione
SEQUENZA
esempio:
Citazione: | >gi|157504430|gb|ABV58897.1| cytochrome b [Gorilla gorilla]
MTPMRKTNPLAKLINHSFIDLPTPSNISTWWNFGSLLGACLILQITTGLFLAMHYSPDASTAFSSIAHIT
RDVNYGWTIRYLHANGASMFFICLFLHIGRGLYYGSFLYQETWNIGIILLLTTMAAAFMGYVLPWGQMSF
WGATVITNLLSAIPYIGTDLVQWVWGGYSVDSPTLTRFFTFHFILPFIITALTTLHLLFLHETGSNNPLG
IPSHSDKITFHPYYTIKDILGLFLFLLTLMTLTLFSPDLLGDPDNYTLANPLSTPPHIKPEWYFLFAYAI
LRSVPNKLGGVLALLLSILILAMIPILHMSKQQSMMFRPLSQXLYWFLIADLFTLTWIGGQPVSYPFITI
GQVASVLYFTTILFLMPITSLIENKMLKWT |
qui sorge il problema: come faccio per esportare da Access i dati di una query in questo formato?
Se i risultati di una query sono tabulati {Proteina}; {Specie}; {Sequenza}
Come faccio per esportarli così in un file .txt:
Citazione: | >Proteina 1, Specie 1
Sequenza 1
>Proteina 2; Specie 2
Sequenza 2
>Proteina 3; Specie 3
Sequenza 3
ecc.. |
|
|